Die Isar hat ihre Quellen im Karwendelgebirge in Tirol, überquert die Grenze zwischen Deutschland und Österreich bei Scharnitz und Mittenwald und mündet bei Deggendorf in die Donau. Auf ihrem Weg durch Bayern fließt sie u.a. durch Bad Tölz, München, Freising, Moosburg, Landshut, Dingolfing, Landau an der Isar und Plattling. Die Isar entwässert einen großen Teil des Karwendelgebirges und der bayerischen Alpen in die Donau. Die Isar ist einer der längsten Flüsse in Bayern und steht in der Rangfolge hinter Donau, Inn und Main.
Durchschnittlich führt die Isar eine Wassermenge von 200 Kubikmeter pro Sekunde, kann jedoch bei Hochwasser enorme Kraft entwickeln und ihr wildes Potential in der Praxis deutlich zeigen. Für die Entwicklung der bayerischen Städte hatte die Isar eine bedeutende Rolle, insbesondere für die bayerische Landeshauptstadt München, da es nur wenige Brücken über die Isar gab und eine der wichtigsten davon war die Salzstrasse, die auch durch München führte. Brücken über die Isar brachten den jeweiligen Herrschern erträgliche Einnahmen aus dem Zoll ein und so konnte sich auch München im Verlaufe ihrer Geschichte zu einer bedeutenden Stadt in Bayern entwickeln. Ferner diente die Isar ab dem 17. Jahrhundert als wichtiger Verkehrsweg zwischen Mittenwald, Wien und Budapest, um Früchte, Gewürze, Baumwolle und Seide aus dem Süden mit Flössen auf der Isar in den Osten zu transportieren. Heute sind es eher Touristen, Vereine und sonstige Gruppen, die eine Floßfahrt auf der Isar genießen, während sie sich mit dem Floß von Bad Tölz flussabwärts bis München treiben lassen und hierbei die längste Floßrutsche Europas passieren.
Eine weitere wichtige Aufgabe der Isar ist die Energiegewinnung. Insgesamt befinden sich rund 30 Kraftwerke an der Isar, davon einige auch mitten in München, wo die Stadtwerke München saubere Energie aus Wasserkraft erzeugen. Nach etlichen Jahren mit Hochwasser war der Hochwasserschutz und die Renaturierung der Isar eine der großen Aufgaben des letzten Jahrzehnts.
Der Hochwasserschutz im Bereich der Isar beginnt bereits kurz nach Mittenwald mit einem kleineren Stausee und einer Ableitung für das Walchenseekraftwerk, gefolgt vom Sylvensteinsee, wo die Isar ebenfalls zur Stromerzeugung eingesetzt wird. Auch in München gab es viele Maßnahmen im Rahmen des bayerischen Hochwasserschutzes, die zu einer deutlichen Veränderung und Renaturierung der Isar geführt haben und nunmehr zum Baden und Grillen an der Isar einladen. Insbesondere in der Innenstadt, am Flaucher und im Bereich der Hesseloher Brücke sind die Maßnahmen zur Renaturierung der Isar deutlich sichtbar. Wichtigster Bestandteil des Hochwasserschutzes ist und bleibt jedoch der künstliche Sylvensteinsee, der bei Hochwasser den größten Teil des Wassers aus dem Wendelsteingebirge aufnehmen soll und dadurch die Städte und Gemeinden am Unterlauf der Isar vor Hochwasser schützt.
Die Isar ist einer der wenigen badetauglichen Flüsse in Europa. Die Wasserqualität konnte durch Aufrüstung vieler Klärwerke entlang der Isar deutlich verbessert werden, so daß die Isar im Jahre 2005 offiziell zum Baden freigegeben wurde. Nur in Phasen mit hohen Niederschlägen und viel Wasser wird vor dem Baden in der Isar wegen der Belastung mit Keimen gewarnt. München ist neben Bern in der Schweiz eine der wenigen europäischen Städte, deren Einwohner in ihrem Fluss im Stadtgebiet baden und schwimmen können.
Die Tierwelt in und an der Isar ist nach wie vor reichhaltig, in Teilen aber auch immer noch vor dem Aussterben bedroht. 1976 wurden an der Isar wieder Biber angesiedelt, die sich von da an bis nach München ausbreiteten. Auch der Eisvogel kann mit etwas Glück an der Isar beobachtet werden. Bei Anglern ist die Isar wegen seiner Artenvielfalt ebenfalls sehr beliebt. Hauptsächlich gibt es in der Isar Forellen und Barsche, sowie Koppen, Hecht, Nerfling, Rotauge, Rotfeder, Rutte, Schleie und Zander.